Великая Отечественная война стала всесторонним испытанием и суровой проверкой принципов и организационных форм всего советского здравоохранения, в том числе и аптечного дела.
В условиях военного времени необходимо было прежде всего организовать успешное лечение раненых и больных, обеспечить санитарно-эпидемиологическое благополучие фронта и тыла.
Аптечные управления, используя местные сырьевые ресурсы, расширяли производство медикаментов на местах. Важную роль сыграли лекарственные растения. Для всего населения сбор лекарственных растений стал делом оборонного значения. В результате номенклатура заготовленного сырья возросла с 25 наименований в 1941 году до 105 видов в 1945-ом.
Наука была на переднем крае в деле обеспечения страны лекарствами. В годы войны в ряде научных центров Сибири были созданы комитеты ученых. В Томске был организован комитет, куда входили специалисты разного профиля — ботаники, химики, врачи. Проблема была одна — изыскание и использование местного лекарственного сырья для нужд госпиталей и больниц. Параллельно изучался химический состав лекарственного сырья, возможности получения из него препаратов, действие этих препаратов в организме больного. Всего в военные годы было введено в медицинскую практику около 50 лекарственных растений, большинство из которых относились к «забытым» научной медициной, но активно использовались в народной.
Так, в качестве активных антисептиков для лечения гнойных ран и язв были использованы фитонциды лука и чеснока. Для этих же целей были предложены препараты календулы, арчовое масло, бальзам из пихты, зверобойное масло.
В госпиталях и больницах испытывался острый недостаток перевязочных материалов. И здесь решить проблему помог сфагнум — торфяной мох. Ученые доказали, что он обладает не только гигроскопическими, но и бактерицидными свойствами, поэтому способствует быстрому заживлению ран. Использовался также обезжиренный тополиный пух, заготовка которого была организована населением.